공중보건의들 중 91년 이후 치과대학 입학생들은 사병으로 훈련을 받고서 공보의가 돼 처우에 어려운 점이 많은 것으로 알려졌다. 91년 이전에 치대를 입학하면 현역입영대상자들은 의무사관후보생이 돼 국방부의 “의무장교 교육 및 분류방침”에 따라 현역장교입영대상자로 선발돼서 군의관이 됐다. 8주간 장교훈련을 받고서 예비역 장교로 예편된 경우, 보건복지부 소속의 공무원 신분인 공중보건의로서 농어촌, 보건(지)소 등에서 3년간 종사하여 군복무를 마친 것으로 처리됐었다. 91년 이후 입학생들은 국방부가 예산절감 차원에서 현역 탈락자들의 장교훈련을 사병훈련으로 대체함에 따라 공보의가 되기 위해서는 4주간의 사병훈련을 받고 예비역 사병인 이등병으로 제대한 후 공보의가 되는 것으로 제도가 바뀌었다. 염문섭 공중보건의협의회 회장에 따르면 “공중보건의가 되기 위해서 사병으로 훈련을 받기 때문에 처우 문제가 많다"며 “이미 나이가 최소 26살에서 많게는 30살을 넘기고, 결혼까지 한 사람들이 22살 정도의 병장들에게 훈련을 받고 있다”고 말했다. 현재 사병에게는 의복이나 기타 필요용품이 장교와 비교해 격차가 많다. 공보의로서 복무하면서 월급은 장교 때와 비교해 액수가 차이가 없고, 공보의의 처우도 복지부 소속의 특별직 공무원으로서 달라진 점이 없지만 36개월간의 복무기간이 일반 사병보다 훨씬 길다는 점이 불만요소가 되고 있다. 현재 91년 이전 입학생들 중 아직 군복무를 안한 사람도 있어, 작년에 공보의 입대자 240명 중 40명이 장교 공보의로 입대했으며, 올해는 9명이 장교 입대하고 내년 이후에는 전원이 사병으로서 공보의 훈련을 하게 될 전망이다.