모든 법률행위가 그러하듯 공동개원 상대방 선택은 매우 중요하다. 공동개원이라는 조합계약은 이해관계가 대립하는 당사자간 체결되는 계약과 달리, 공동의 목적을 달성하기 위하여 이해관계가 대립하지 않는 당사자들이 단체를 구성한다는 점에서 계약당사자 선택이 매우 중요한 의미를 가지게 된다. 공동개원 상대방의 선택은 단순한 계약 이행의 문제를 넘어서 공동사업의 영속적 성공과도 관련이 있다는 점에서 그 중요성은 더욱 두드러진다. 더욱이 치과의사들의 공동개원은 당해 의료인의 생활양식과 환자들에게 심대한 영향을 주게 된다. 이런 이유로 공동개원 전 상호 신뢰할 수 있는 상대방을 선택하는 것은 공동개원에서 매우 관건적이다.

신중한 상대방 선택 이후에도 지속적으로 신뢰관계를 확보하기 위하여 합리적 운영구조에 대하여 지속적으로 관심을 가져야 한다. 통상 공동개원 치과의사간 역할분담을 두고 의료기관 경영구조로 파악하고 수익증대라는 협애한 관점으로만 바라보는 경우도 있으나, 구성원이 상호신뢰의 바탕 하에 각자의 역량을 극대화하는 운영구조는 치과의사의 사회적 욕구를 충족시켜주며, 환자에게 최선의 의료를 제공하는 계기로 작용할 것이다.

의료인간 역할분담이 상승적으로 작용할 수 있도록 역할의 한계와 협력의 방법에 관한 최소한을 성문화하는 것이 바람직하다. 또한, 의료기관 내 법인의 이사회와 유사한 의결 구조(구성원 회의)를 만들고, 이사회 의결사항을 규정하여 경영상의 주요 의사결정시 이를 활용하는 것을 고려할 수 있을 것이다. 경험적으로 보건대, 구성원 회의를 통한 의사결정이 활성화되고 구성원회의 희의록이 잘 작성되어 있을수록 상호간 신뢰가 제고되어 있다고도 말할 수 있다. 당사자간 협의를 통하여 합리적으로 형성된 관행은 공동사업에 있어서 무형의 자산이라고 할 만하다. 

구성원 회의를 운용하면서 변호사, 공인회계사 같은 객관적 제3자를 사외이사나 감사로 두고 중요한 의사결정 시에 조언자로서 적절하게 활용할 수도 있다.  또한 지나치게 무리한 투자 및 경영상 위법문제가 발생하는 것을 사전에 차단하는 부수적인 효과도 있을 것이다. 특히 각종 환자와의 의료분쟁 및 의료법 위반 사안이 빈발하고 최근 상황에서 이러한 법적 위험의 평가 및 사전 대비를 위하여 사외이사 혹은 감사 시스템의 제도화는 충분히 고려해볼 가치가 있을 것이다.

비의료인과 의료기관 공동개설이 위법임은 물론이다. 공동개원에 관련된 약정은 법률상 무효이며, 의료인이 비의료인에게 부당이득 반환을 청구하여도 법원은 이를 불법원인급여로 보아 청구를 인용하지 않는다. 비의료인에 대한 과도한 급여 내지 성과급이 이익배분의 성격이라고 판단될 경우에는 의료법위반으로 위법할 수 있음을 주의하여야 할 것이다. 비의료인을 경영담당직원으로 두는 경우도 있는 바, 그것이 초래할 수 있는 여러 가지 법적 위험에 대하여 숙고할 필요가 있다. 예를 들어 경영담당직원이 특정 의료인의 이익을 위하여 복무할 경우 다른 의료인과의 이해충돌의 문제가 발생할 수 있으며, 다른 의료인에게는 손해를 가할 수 있을 뿐 아니라 근본적으로 상호 신뢰를 해칠 수 있다. 

의료기관 경영의 효율과 공동사업의 안정이라는 두 가지 관점을 조화시킨다는 관점에서, 다수 치과의사들간 영속적 공동사업이 가능할 수 있는 최적의 조건을 확보하기 위하여, 공동개원의 운영구조는 의료인간 신뢰확보에 최대한 유의하면서 과학적으로 설계되어야 할 것이다.
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