공동개원을 한 치과의사들 중 회계운용 및 손익분배와 관련한 역할을 담당하는 자는 특별히 회계의 투명성에 신경을 써야 할 것이다. 공동사업에 있어서 회계의 투명성을 확보되지 않으면 상호 신뢰를 확보할 수 없게 되어 구성원의 활력이 감소되고 궁극적으로 공동사업의 성패에 영향을 미치게 될 것이다. 그런데 공동개원 당사자들이 재무제표 및 장부를 열람하지 못하고, 이로 인하여 정확한 의료기관 수지를 정확히 파악하지 못하는 경우가 의외로 흔하다. 대개 이러한 상황은 의료기관의 회계운용이 폐쇄적이거나 형식적인 것과 관련이 있다. 일반적으로 공동사업을 영위함에 있어서 회계의 투명성은 가장 기본적인 요소라고 하지 않을 수 없으며, 공동개원도 예외가 아니다. 따라서 모든 공동개원 당사자가 회계운용에 대하여 적절한 관심을 가져야 함은 물론이다. 

회계운용이 투명하지 않은 공동사업체(조합)가 분쟁에 휩싸이고 각종 민사소송, 형사고소·고발로 비화되는 현상은 모든 형태의 공동사업에서 흔히 관찰되고 있다. 가령 재정운용을 담당하는 조합원 중에서 자신의 이익을 위하여 혹은 제3자의 이익을 위하여 조합재산이나 공동사업에서 발생한 수익을 유용하는 경우가 있다. 단순한 항목 유용이 아니라면 이러한 행위는 형법상 업무상 횡령죄에 해당할 수 있다. 심지어 위법행위를 은폐하기 위하여 다른 구성원들의 서명, 날인이 되어 있는 각종 장부 등 회계자료를 재작성(?)하는 경우도 발생한다. 이러한 행위는 형법상 문서에 관한 죄에 해당할 수 있음은 물론이다. 

공동개원에서도 재정운용 및 손익분배와 관련한 문제가 발생할 가능성이 있음은 물론이다. 공동개원의 경영자가 다른 당사자에게 투명하게 재정운용을 하지 않을 경우, 그러한 가능성은 더욱 높아질 것이다. 실제로 공동개원 당사자간 조합재산 혹은 배당 전 수익 유용으로 인한 민사소송 및 형사고소·고발, 이에 대응한 맞고소·고발 사례가 발생하고 있으며, 공동개원의 빈도가 늘어남에 따라 점차 이러한 쟁송의 발생빈도가 증가하고 있는 것으로 파악되고 있다. 이러한 파국적 상황은 가급적 사전에 예방하는 것이 바람직하며, 사후적으로 해결하는 것은 의료인에게는 지나치게 가혹한 희생을 전제로 할 뿐이다. 결국 재정운용과 관련한 불미스러운 사태의 사전 예방이 최선이다.  

 
이런 이유로 공동개원에서 투명하고 합리적인 회계 관행과 이를 보장하는 성문화된 규범을 갖추는 것은 재정운용 및 손익분배와 관련한 법률분쟁 발생가능성을 배제할 수 있다는 점에서 매우 중요하다. 예컨대, 장부를 1일 단위로 마감한다거나, 월단위로 각종 재무제표를 작성한다거나, 장부 및 재무제표에 대하여 수시로 열람하고 확인(기명날인한다거나)하는 절차를 둔다거나, 정기적인 감사를 실시하는 것은 바람직하다고 할 것이다. 그리고 이러한 내용 및 절차를 보장하는 구체적인 회계규정을 두는 것은 회계의 투명성을 높이는 제도적 장치라고 할 수 있는 바, 이러한 회계규범을 만들고 집행하는데 관심을 기울여야 할 것이다.

공동개원은 매우 정치한 운영규칙을 가지고 있어야 하며, 이러한 정치한 운영규칙의 중핵은 회계규정이라고 하여도 과언은 아닐 것이다. 요컨대, 훌륭한 회계규범을 가지고 있는 공동사업체는 그 자체로 큰 무형의 자산을 가지고 있다고 할 수 있을 뿐만 아니라, 구성원들이 평화롭게 공존하며 영속적으로 운영될 가능성이 높다고 할 수 있을 것이다.
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