수산화칼슘은 감염근관에서 훌륭한 근관내 약제로 사용된다.
특히 삼출물이나 배농이 계속되는 경우에는 탁월한 효과를 발휘한다. 이러한 경우의 수산화칼슘의 약리작용은 대개 다음과 같이 추측된다.

1) 높은 알칼리성을(pH 12) 가지고 있으므로 염증부산물에 의하여 낮아진 조직의 pH를 높여준다.
2) 치근단의 경조직 침착을 유도 함으로써 치근단 받침을 확보한다.
3) 수산화 칼슘은 우수한 항균효과를 가진다.
4) 괴사연조직의 용해효과 등.
수산화칼슘을 사용할 때에는 순도가 높은 분말을 증류수나 CMCP와 혼합하여 근관내에 채워준다.

단순한 근관내 약제로 사용할 때에는 1~2주일 정도를 유지 시키고 치근단형성(apexification)의 목적을 함께 사용할 때에는 2~3개월 주기로 교환을 해준다. 또 치근단에 matrix로서 사용할 때에는 용액과 혼합해서 사용하지 않고 분말만 치근단에 다져넣어 받침대를 만들고 그위에 바로 가타파챠로 충전하는 경우도 있다.
그러나 분말을 그대로 사용하는 경우는 충전의 제어가 쉽지않고 방사선불투과성이 부족하여 충전에 대한 확인이 명확하지 않는 경우가 많다.
요즈음에는 상품화된 수산화칼슘도 많이 사용되는데 대부분이 40~50% 내외의 수산화칼슘과 methyl cellulose, glycerin, polyehtylene glycol 등을 carrier로 사용한다.
수산화칼슘의 임상활용을 보면 다음과 같다.

1. 지속적인 삼출물이나 커다란 병소를 가진 치근단염증을 위한 임시충전
2. 치근단 형성술(Apexification)
3. 실제 치근단공의 정확한 위치를 알기 위해
4. 치근의 내흡수나 파절선 등 불규칙한 근관형태를 미리 파악하기 위해
5. 치근천공 등의 치료를 위해
6. 치근의 외흡수 치료를 위해

그러나 이러한 많은 이점에도 불구하고 실제임상에서의 사용에 있어서는 많은 주의를 요하여야 한다.
전술한 바와같이 수산화칼슘은 높은 pH의 강알칼리성이다. 이러한 수산화칼슘의 강한 알칼리성은 정상적인 조직에 대하여 강한 부식효과(caustic effect)를 나타내어 심각한 손상을 초래할 수가 있다.
특히 하악 제이대구치와 같이 치근단공이 하치조신경관과 가까이 위치할 때에는 세심한 주의를 하여야 한다.
또 경화되지 않는 물성으로 인해 시간이 지나면서 용해되어 2차적인 염증을 초래할 수가 있어 사용시 세심한 주의를 필요로 한다.