그러나 여성부 폐지와 관련, 한국여성단체 연합 등 44개 여성단체들이 여성정책토론회에서 “여성부 존치를 약속한지 두 달 만에 이 당선인이 국민과의 약속을 져 버렸다” 며 강력 반발하고 있는 데다, 대통합민주신당마저 시큰둥한 반응을 보이고 있어 조직개편안의 국회통과에 큰 진통이 예상되고 있다.

특히 정통부 및 과학기술부, 그리고 막판 통일부 폐지와 관련해 16일 현재 대통합민주신당, 민주노동당 등은 “양보할 수 없는 것이 있다” 며 국회 심의과정에서의 반대의사를 피력, 자칫 2월 임시국회에서 정부 조직법개정안 국회통과가 무산되거나 일부 변질될 가능성도 배제할 수 없다.
현재 재적 298석인 국회의석 중 통합신당 137석, 민노당 9석, 민주당 6석, 한나라당 128석 등의 분포여서 정부조직법개정안이 통과하려면 과반수인 150석을 확보해야 하는 만큼, 통합신당의 지지 없이는 국회통과가 어려운 실정이다.

그러나 대통령직 인수위원회는 오는 21일까지 정부 기능 조직 개편을 위한 법률안 제 개정안을 마련해 국회에 제출한다는 방침이다.
정부 조직법 등 16개 법률개정안과 직제 등 65개 하위법령이 새 정부 출범에 맞춰 시행되도록 최선을 다한다는 것이다.
인수위는 ‘정부기능조직 개편단’을 곧 구성해 운영하는 한편, 개편에 따른 인력과 사무 공간 재배치, 업무 인수 인계, 예산이체 등이 차질 없이 수행 되도록 하겠다”고 밝히고 있다.