조사위원회는 소속지부의 윤리지침에 정한 의무를 위반한 경우를 비롯해 ▲직무의 내외를 불문하고 치과의사로서의 품위를 손상하는 행위를 한 경우 ▲규칙에 의하여 윤리위원회의 출석, 경위서 및 소명 자료제출 등의 요구를 받고도 2회 이상 불응한 경우 ▲의료법 및 보건의료관계법령에 정한 의무를 위반한 경우 ▲정관을 위반한 경우 등에 대해 조사하는 기구다.

협회장 및 지부 회장의 요구가 있거나 치과의사에게 윤리위원회, 조사위원회 설치 및 운영에 관한 규칙 제8조의 징계사유에 해당하는 혐의가 있다고 판단될 경우 혐의 사실에 대해 조사하고, 결과를 협회장 및 지부 회장에게 보고하는 단계를 거친다.

사안이 따라서는 윤리교육수강, 견책, 권리정지, 권고휴업, 관계기관 회부 등의 징계수위가 결정된다.
조사위원회는 30인 이상 50인 이내의 조사위원으로 구성되며, 조사위원은 각 지부의 회원 수에 비례해 적정 인원을 협회장이 임명하게 된다. 위원의 임기는 3년이다. 징계심의 절차 요약도는 오른쪽 표와 같다.