치협 등은 “소위 특정 전문직종만 쥐어짜는 ‘세무검증제도’는 조세공평주의에 반하는 모순적인 발상이자, 지극히 행정편의적이고 무책임한 발상에 기인하고 있다”고 규정하며 “특정 업종에 대해서만 합리적인 이유 없이 차별적으로 세무검증을 하겠다는 것은 조세정책의 기본원칙인 조세공평주의에 정면으로 위배되는 것”이라고 비난했다.

이들 단체는 또 “누락된 과세원을 발굴하는 과표 양성화 노력은 정부의 엄연한 책무임에도 불구하고 이번 세무검증제도를 통해 정부가 해야 할 일을 납세자와 세무대리인에게 전가하려 하는 것은 원칙에도 맞지 않고 행정편의적 행태에 불과하다”고 주장했다.
특히 이들 단체는 “의료업에 대한 세무검증은 무엇보다도 현재 위기에 처한 의원급 의료기관의 경영실태를 전혀 고려하지 않은 가혹한 정책”이라며 “전문직 안에서도 소득의 편차가 크고, 특히 의료계의 경우는 평균 물가상승률에도 턱없이 모자라는 저수가로 인해 1차 의료기관의 경영상태가 급속히 열악해져 폐업이 속출하고 의사가운을 벗는 이들도 급속히 늘어가고 있는 상황”이라고 설명했다. 

아울러 이들 단체는 미용목적 성형수술에 대한 부가가치세 과세에 대해서도 “목적을 구별하기가 쉽지 않고, (의료기관들에게) 많은 납세협력비용을 초래, 조세저항을 부르게 되며 결국 이런 비용이 소비자에게 전가될 것”이라고 경고했다.

특히 3개 의료인 단체는 “의료인 단체의 입장이 반영되지 않을 경우 헌법소원 등 법적대응을 추진할 것”임을 분명히 하며 ▲일부 전문직종에 대한 세무검증제도의 즉각 철회 ▲도입이 불가피 할 경우 전 사업장 전수조사 등 준비기간을 거쳐 법인 포함 전체 업종에 도입 ▲이번 세제개편안에 의료기관의 세제지원방안 반드시 포함 등을 정부에 촉구했다.