과세는 기장 및 증거에 근거하여 객관성 있게 이루어져야 한다(근거관세의 원칙). 과세표준을 인정하는 방법은 그 인정의 근거로 삼은 증거 또는 자료의 직접성 여부에 따라 실액방법과 추계방법으로 구분할 수 있다.

실액방법이란 장부 및 이에 관계되는 증빙서류와 같은 직접 증거를 바탕으로 과세표준을 산정하는 방법이다. 조세법상 응능부담원칙과 근거과세의 원칙은 원칙적으로 실액방법에 따라 과세표준을 산정할 것을 요구하고 있다. 특히 실액방법은 과세표준과 세액을 납세자가 스스로 신고함으로써 확정되는 구조를 취하고 있는 신고납세제도와 친숙한 제도라고 할 수 있다.

납세의무자가 직접 증거를 갖추고 있지 않거나 그 제시하는 증거가 허위인 경우에는 간접적인 증거에 바탕을 둔 추계방법에 의할 수밖에 없다. 추계방법은 실액방법에 의한 과세가 불가능할 경우에 한하여 허용되는 예외적인 과세표준 인정방법이다. 그런데 수년전 서울지방국세청 및 일선 세무서에서 치과의사를 포함한 의료업 종사자에게 의료업자들의 기본경비와 신용카드 매출액, 일반매입액을 토대로 추정 수입금액을 산정한 후 전체 분석대상자의 평균비율에 근거해 역사한 추정수입금액을 수정 신고하도록 한 바 있는데, 이미 기장 및 증빙에 의하여 소득세신고를 한 치과의사들로서는 매우 부당한 처사라고 할 수 있으며, 근거과세원칙에 부합한다고 보기 어려울 것이다.

추계조사결정은 소득세 또는 법인세 등을 과세관청이 결정 또는 경정하는 경우에 그 과세표준을 장부나 증빙 기타 직접적인 과세자료에 의하여 결정하지 않고 납세의무자의 재산이나 채무의 증감상태, 수입이나 지출의 현황, 생산량, 판매량, 기타의 거래량, 종업원 수 기타 사업 규모 등의 간접자료에 기하여 과세표준을 정하는 과세방법을 말한다. 구체적으로 과세방법은 동업자권형, 표준소득률 등 통계적·경험적 근거에 의하여 정형화되어 있다. 소득세법 제80조 제3항 단서 및 동법 시행령 제143조 제1항 각호 사유에 해당하는 경우에 제한적으로 추계조사결정을 하는 것이 허용된다.
추계방법에 의하여 계산된 소득금액에서 인적공제와 특별공제를 하여 과세표준을 정하고(소득세법 시행령 제143조 제2항), 소득금액의 추계방법으로는 표준소득률에 의한 방법, 동업자권형에 의한 방법 등이 있다(같은 조 제3항). 표준소득률이란 국세청장이 규모와 업황에 있어서 평균적인 기업에 대하여 업종과 기업의 특성에 따라 조사한 표준적인 비율(기본율)을 참작하여 결정한 소득률을 말한다(소득세법 시행령 제145조 제1항). 즉, 총수입금액에서 소득이 차지하는 것으로 추정되는 비율을 의미한다.

같은 금액의 총수입을 올려도 표준소득률을 올리고 낮추는데 따라 세액도 달라지기 때문에 마치 세율을 변동시키는 것과 유사하다고 하여 ‘제2의 세율’이라고도 불린다. 세율과 유사하는 효과를 가져오기 때문에 조세법률주의에 의거하여 법률에 규정되어야 함에도 불구하고 행정부의 결정에 의하도록 한 현재의 세법체계의 적법성에 관하여, 대법원 1997. 9. 9. 96누12054 판결을 통하여 “표준소득률은 과세요건을 구성하는 것이 아니라 과세표준의 추계결정에 적용될 수입과 소득의 비율일 뿐이라는 점에 비추어 법령에서 표준소득률의 구체적인 제정방법을 정부에 위임한 것이 포괄위임금지의 법리와 실질적 조세법률주의에 위배하는 것으로 무효라고 할 수 없다”라고 판시한 바 있으나, 실질적으로 세율에 유사한 기능을 하는 표준소득률이 정확하고 합리적으로 제정되어야 함은 물론이다.

표준소득률에 의한 과세표준 결정방식은 부당한 과세처분으로 이어질 가능성이 크다는 점에서 과세관청의 재량을 제한하여야 할 것이며, 평균적 기업의 개념이 흐려지고 소득규모가 양극화되고 있는 의료계의 현실을 적절히 고려해야 할 것이다.
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