사업자의 산출세액은 소득금액에서 소득공제액을 차감한 과세표준에 소득세누진세율을 곱하여 계산되며 총부담세액은 산출세액에서 세액공제액과 감면세액을 차감한 결정세액에 가산세를 더하여 확정된다. 세액공제과 감면세액은 신고소득률에 영향을 주지 않으므로 대상이 되면 누락없이 모두 받아야 함에도 불구하고 그렇지 못한 경우가 많이 있다.

예를들면, 사업자의 경우 성실신고확인대상자만 의료비와 교육비세액공제를 받을 수 있는 것이 아니라 법규위반사실이 없는 성실사업자도 해당 과세기간개시일 현재 3년이상 계속해서 사업을 경영하고 해당 과세기간의 수입금액이 직전 3개 과세기간의 연평균수입금액을 초과하도록 신고하면 받을 수 있다. 또한 사업소득자도 해당 과세연도의 종합소득과세표준에 합산되는 종합소득금액이 6천만원 이하인 성실사업자는 월세세액공제를 받을 수 있다.

그리고 의료업은 중소기업특별세액감면대상업종이 아닌 관계로 모든 중소기업지원 세액공제대상이 아니라고 잘못 판단하는 경우가 많다. 의료업의 경우 적용할 수 있는 세액공제는 수도권과밀억제권역밖에 소재한 치과의원의 의료기기투자에 대해 최대 투자금액의 9%를 공제받을 수 있는 고용창출투자세액공제와 투자금액의 3%를 공제 받을 수 있는 중소기업투자세액공제가 대표적이다. 고용창출투자세액공제와 중소기업투자세액공제는 중복적용이 배제되므로 사업자에게 유리한 것을 선택적용하여야 하며 일반적으로 고용창출투자세액공제를 적용받고 고용창출투자세액공제를 적용할 수 없는 수도권과밀억제권역에서는 대체투자의 경우만 중소기업투자세액공제를 적용받는다.

의료업은 개원초기에 대부분의 의료기기투자가 이루어지므로 소득세신고시 투자세액공제를 신청하여야 하나 일반적으로 개원연도에는 납부할 세액이 거의 없거나 결손이 발생하므로 투자세액공제를 신청하지 않는 경우가 많으므로 각별히 유의하여야 한다. 또한 2014년 8월부터 시행되고 있는 내일채움공제를 활용하여 우수인력을 장기재직도 도모하고 세제혜택도 받는 방안을 적극 검토해 보기를 바란다.

내일채움공제는 중소기업청이 주관하는 공적공제로서 사업주가 장기재직 희망직원을 핵심인력으로 지정하고 사업주와 핵심인력이 5년간 매월 34만원이상을 2 : 1이상의 비율로 공동 적립하여 핵심인력이 5년 만기 재직하면, 공동적립금을 장기재직성과보상금(인센티브)으로 지급하는 제도이다. 세제혜택은 사업자공제납입금전액이 필요경비로 인정되어 최고 48.27%(한계세율이 38%인 경우)의 필요경비 Tax Effect가 주어지고 사업자공제납입금액의 25%를 인력개발비로 세액공제해 주므로 27,5%(지방소득세포함)의 Tax Effect가 추가로 주어지므로 최고 75.77%의 Tax Effect가 있다.

가령 매월 36만원을 내일채움공제에 공동적립할 경우 사업자는 매월 24만원을 적립하게되고 연간 288만원을 5년간 적립하게 된다. 연간 세제혜택은 사업자부담 납입액 288만원은 필요경비산입되고 납입액의 25%인 72만원은 인력개발비세액공제를 받을 수 있다.

인력개발비세액공제는 투자세액공제와 중복적용가능하며 투자세액공제와는 달리 공제금액에 대해 20%의 농어촌특별세부담도 없다. 하지만 근로소득자에게만 적용되는 기부금세액공제는 사업자는 적용받을 수 없고 사업자소득자의 기부금지출액은 필요경비로만  인정받을 수 있지만 필요경비의 Tax Effect를 생각하면 기부금을 필요경비로 계상하는 것이 의료사업자에겐 유리하다.
문의 : 홈페이지 mediden.co.kr

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이종호 CPA  회계법인 ‘원지’