자보수가 고시제도는 1991. 12. 31. 자배법 개정시 일부 도입되어 1999. 2. 5. 자배법 개정시 확립된 제도이다.

사인간의 진료비 청구 및 지급에 관한 사항이므로 사적자치원칙에 의거 당사자간 정할 사항이나 보험업계와 의료계 사이의 지속적인 갈등과 마찰로 인하여 거래질서가 문란하게 되고 불필요한 분쟁이 발생됨에 따라, 교통사고환자에 대한 적절한 진료를 보장하고 보험사업자와 의료기관간의 교통사고환자의 진료비에 관한 분쟁을 방지하여 적정한 거래질서를 확립하기 위해 양 당사자간 거래기준을 고시하기에 이른 것이다.

자보수가 고시제는 ①정부가 자동차보험 진료수가기준을 고시하고(자보수가기준의 고시), ②의료기관이 자보수가기준에 따른 진료수가 청구 시 보험사업자는 이를 삭감할 수 없도록 하고(임의삭감 금지), ③자동차보험진료수가기준의 적용에 관한 의료기관과 보험사업자 간의 분쟁발생의 당사자간 조정제도를 두는 것(효율적인 분쟁조정)을 골자로 한다.
그런데 자보수가 고시제는 수가를 둘러싼 분쟁의 사전예방, 협의 과정에서의 거래 비용 절감 등을 목적으로 하는 제도로써 자동차손해배상보장법의 입법목적인 자동차사고 피해자 보호와는 직접적 관련성이 적은 편이다.

현재 자동차보험진료수가는 건강보험수가에 연동하고(종별로 상이한 가산율이 적용되고 있다) 건강보험 기준 이외의 요양급여범위 및 비용산정기준은 건설교통부고시에 의하여 적용되고 있다.
의료기관에서 적용하는 진료수가 기준이 건강보험을 기준으로 하여 적용, 준용 및 추가 적용되고 있으므로 건강보험의 기준이 병원진료비 산정에 지대한 영향을 미치고 있다.
직불금지제란 자동차사고 환자에 있어서 자동차보험사 측의 지급보증이 있는 한 의료기관은 환자에게 직접 진료비를 청구하는 것을 금지시키고, 반드시 자동차보험회사에게 진료비를 청구할 것을 강제하는 제도이다.

직불금지제는 환자에게 즉시 진료비를 지급받기 위하여 진료수가를 선지급하게 하거나 직접 지급할 것을 요구하는 사례에 있어서 경제적 약자인 환자의 경우 진료를 받지 못하는 사례가 발생하여 이를 방지하기 위하여 도입된 것이다.
더욱이 피해자가 의료기관에 진료비를 지급하고 자동차보험사에 보험금 직접청구권을 행사할 경우 보험사 측에서 일방적으로 진료비를 삭감하여 보상하는 경우 피해자는 보험사의 조직성, 전문성에 비하여 그 대처능력이 취약하여 결국 미지급 진료비를 궁극적으로 부담하는 사례가 흔하였다.

이에 자배법은 의료기관이 환자에게 보험 처리될 수 있는 진료비를 환자에게 청구하지 못하게 함으로써 의료기관에게 일방적 피해가 발생하지 못하도록 임의삭감금지제도를 두고 있는 것이다.
통상 의료기관은 자동차보험회사 측의 지급보증확인이 있으면 바로 진료를 개시하게 된다.
진료비는 교통사고 환자가 보험사업자 등에 대하여 자동차보험 진료수가를 자기에게 직접 지급할 것을 청구한 경우를 제외하고는 의료기관이 진료기록에 따라 진료비 청구명세서를 작성하여 보험사업자 등에게 청구한다. 보험사업자와 의료기관 간의 진행절차는 다음과 같다.

의료기관이 진료비 청구명세서를 작성하여 보험사업자 등에게 청구하면 보험사업자는 의료기관의 진료비 청구명세서를 접수한 날로부터 30일 이내에 진료비를 지급해야 한다. 보험사업자는 임의 삭감을 할 수는 없고, 이의가 있는 경우 진료수가분쟁심의회에 심사청구를 하는데 이 경우에도 청구액의 80%는 우선 지급하여야 한다.

그런데 법에서 진료비 지급기한을 30일 이내로 명시하고, 시행령에 의해 이 기간 내에 지급하지 않는 경우에는 그 초과한 기간에 대해 연체료를 지급하도록 되어 있음에도 그 절차의 번거로움, 보험업계와 의료기관간 관계의 밀접성 등으로 인해 현실적으로 제도의 운영은 이와는 달리 운영되고 있는 실정이다.
한 연구논문의 설문조사 결과에 따르면 진료비 지급기일은 평균 41.76일이며 청구일로부터 30일 이후에도 진료비가 미지급된 경우가 24.22