최근 세무당국이 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료 없이 동일한 과세기간 동안의 동일한 세목에 대해 실시한 중복세무조사는 위법하므로 납세자는 세금을 낼 필요가 없다는 대법원 판결이 나왔다.

현행 국세기본법 제81조의 3에서는 ① 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, ② 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, ③ 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우, ④ 부동산투기 등 경제질서 교란을 통한 탈세자에 대한 일제조사 등의 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해서는 다시 세무조사를 할 수 없도록 규정하고 있다(국세기본법 제81조의 2 내지 제81조의 10은 납세자의 권리에 관한 규정들로써 ‘납세자권리헌장의 제정 및 교부’, ‘세무조사권 남용 금지’, ‘세무조사에 있어서 조력을 받을 권리’, ‘납세자의 성실성 추정 및 세무조사’, ‘세무조사의 사전통지와 연기신청’, ‘세무조사에 있어서의 결과통지’, ‘비밀유지’, ‘정보의 제공’, ‘과세적부심사’에 관한 내용을 규정하고 있다).

물론 국세기본법 제81조의 3 각호에 해당하는 경우에는 동일한 과세기간 동안의 동일한 세목에 관한 세무조사가 가능하다고 할 것이다. 그러나 국세기본법 제81조의 3 각호에 해당하지 않는 경우에 동일한 과세기간 동안의 동일한 세목에 관한 세무조사가 이루어진 경우 이러한 (중복)세무조사가 위법한 것인지 문제된다.

이와 관련하여 종래 국세기본법 제81조의 3 규정이 훈시규정에 불과한 것으로 볼 것인지, 아니면 강행규정으로 볼 것인지에 대해서는 학계나 실무계에서 명확한 입장표명이 없었으며, 세무당국에서는 위 규정을 단순한 훈시규정으로 파악하여 같은 세목 및 같은 과세기간에 관한 중복세무조사가 이루어지고 있어왔는바, 실무상 혼선이 있었다.
그런데 이번 대법원 판결은 국세기본법 제81조의 3 규정을 단순한 훈시규정이 아니라, 과세관청을 실질적으로 구속하는 강행규정이라는 점을 명확히 했다는 점에서 의미가 있다. 이에 따라 과세당국은 앞으로 국세기본법 제81조의 3 규정을 위반한 중복세무조사에 의해 취득한 과세자료로는 과세처분을 할 수 없게 될 것으로 보인다. 납세자로서는 과세관청의 부당한 중복세무조사에 대해 그 위법성을 소송으로 다툴 수 있게 된 것이다.

대법원 특별3부 최근 중복세무조사 등으로 1억5천7백84만여원의 부가가치세 부과처분을 받은 부동산임대업자 김모(68)씨가 남인천세무서장을 상대로 낸 부가가치세부과처분취소소송 상고심(2004두12070)에서 “중복세무조사로 인한 과세처분은 위법하므로 2천7백여만원을 제외한 나머지 부분을 취소한다”며 원고 일부승소 판결을 내린 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 “이 사건 과세처분은 피고가 98년 11월께 한 세무조사와 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 중복해 실시한 서울지방국세청장의 위법한 중복조사에 기초해 이뤄진 것이므로 위법하다”고 밝혔다.
이번 대법원 판결은 과세관청의 무분별한 세무조사 관행에 일정한 제동을 건 것으로 보이고, 특히 과세처분의 절차적 통제를 통해 납세자의 권리를 보호한 것으로 유의미한 판결이라고 할 수 있을 것이다.
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