한국보건산업진흥원이 최근 개최한 ‘의료기관 조세정책의 현황과 합리화 방안’ 포럼에서 발표자들에 의해 “현행 의료법인에 대한 조세제도는 의료기관의 공익적 성격에 비추어 합리적이지 않다"는 주장이 제기됐다. 그간 의료법인 세제를 두고 지속적으로 문제 제기된 부분인바, 이하에서는 이에 대해 소개하고자 한다.

현행 법인세법은 의료기관을 비영리법인으로 인정하면서도 의료업을 수익사업으로 분류해 실질적으로는 영리법인과 다를 바 없는 법인세 부담을 지우고 있다. 이러한 제도를 고려할 때 의료기관은 세제상으로는 공익성에 대한 조세지원을 제대로 받고 있지 못하고 있다고 볼 수 있으며, 현행 의료기관 조세제도는 의료기관이 공익성을 실현하기에 그 지원이 미흡한 상황이라는 지적이 제기될 수 있는 것이다.

구체적으로 법인세법은 법인세법 제3조 제2항, 시행령 제2조는 의료업을 수익사업으로 규정해 비영리법인인 의료법인에게도 법인세 납부의무를 부과하고 있어 사실상 일반 영리법인과 동일하게 과세된다. 더욱이 비영리법인인 의료법인의 수익은 상한을 예측 가능한 진료비(요양급여비용 등에 의해 수익이 통제되고 있다)에 의존하고 있으며 공공재를 공급하고 있음에도 영리법인과 동일한 법인세율에 따르고 있다. 의료법인을 수익사업에서 배제하거나 의료법인에 대한 법인세율을 인하하는 조치가 필요할 것이다.

경우에 따라서는 영리적 행태가 뚜렷한 의료법인이 있을 수 있으므로 이러한 의료법인을 조세혜택으로부터 배제해야 할 필요가 있다면, 의료법인의 공익성 정도를 평가(의료법상 의료기관평가를 활용하는 것도 한 방안이 될 수 있을 것이다)해 공익성이 높은 의료법인에 한해 세제상 혜택을 제공하는 방안도 고려할 수 있을 것이다.

또한 단기적으로는 고유목적사업준비금의 사용범위를 확대하고 한도금액을 상향조정하는 등의 대안을 고려해야 할 것이다. 세법상 준비금은 특정산업에 대한 간접적인 조세지원제도로서 특정산업의 과세소득을 계산하기 위해 장래의 투자 또는 비용 및 손실에의 지출에 충당하기 위해 당기에 발생된 손비는 아니지만 당기에 미리 법정한도액을 손금에 산입해 재원을 확보한 후 추후 투자에 지출한 금액 및 비용, 손실과 상계후의 금액을 법정기간 경과 후 익금으로 환입하는 과세시기이연제도의 하나이다.

고유목적사업준비금은 비영리내국법인이 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위해 일정한 한도 내에서 손금으로 계상한 준비금을 말한다. 고유목적사업준비금의 한도액은 이자소득 등에 수익사업소득에서 발생한 소득에 일정률(50% 혹은 조세특례제한법상의 비율)을 곱한 금액을 합산한 금액으로 한다. 사회복지법인·학교법인·국립대학병원 등은 수익사업소득의 100%를 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있으며, 교육연구비로의 전입시 비과세가 가능한데 비해, 의료법인은 수익사업소득의 50%만 고유목적사업준비금으로 인정받을 수 있다.

의료업의 경우 고육목적사업으로 고정자산(병원건물 및 부속토지, 요양급여 적용대상인 일정가액(100만원) 이상의 의료기기, 초음파영상기, 자기공명영상기, 양전자단층촬영기)을 취득하기 위해 지출하는 금액을 인정받고 있다(법인세법 시행령 제56조 제6항, 시행규칙 제29조의 2).

그런데 이러한 금액의 지출을 위해 유보한 준비금을 손금으로 인정받는 것은 장래 위에 열거된 제한된 고유목적사업 용도로의 지출을 전제로 한 것이고, 불사용 혹은 법인세법이 정한 용도의 사용이 아닌 경우 익금으로 환입돼 언젠가는 과세대상이 된다는 점에 근본적으로 과세이연(課稅移延)에 불과하다.

고유목적사업 범위가 지나치게 한정적으로 열거돼 있다는 점에서 문제가 있을 수 있으며, 치과계의 경우 의료장비의 액수가 고유목적사업준비금의 용도로 인정받을 수 있는 경우가 많지 않을 수 있다는 점에서 일정가액 이상의 의료기기 구입과 관련해 가액을 하향 조정하는 것이 필요할 것으로 보인다.

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