대통령직 인수위원회에서의 특정인사의 발언 등으로 촉발된 요양기관 당연지정제(논자에 따라서는 강제지정제라고 부르기도 한다)에 관한 논란이 확산되고 있다. 요양기관 당연지정제에 관해 여당 내에서도 논란이 있으며 사회적으로도 반대여론이 상당한 것으로 보인다.

그간 의료체계의 근간을 이루고 있던, 요양기관 당연지정제는 의료기관이 특별한 사유가 없는 한 건강보험 요양기관이 되는 것을 그 내용으로 하고 있다. 요양기관 당연지정제는 일종의 사회보험체계의 일요소로 오랜 기간 유지되고 있다. 그간 이 제도에 관하여는 헌법소원이 있었으며(기각결정이 내려진 바 있다), 일부 공급자단체를 중심으로 폐지 논의가 지속되고 있었다.
대체로 요양기관 당연지정제를 폐지하려는 견해를 가진 경우, 당연지정제가 형평성 제고에 도움을 주었던 반면 의료공급자 간 경쟁을 배제해 의료체계의 성과를 낮추는 기능을 했다고 주장하며, 요양기관 계약제를 그 대안으로 고려하는 것으로 보인다.

당연지정제가 폐지돼야 한다는 논자들은, 요양기관 당연지정제는 전국민의료보험을 조기 달성할 수 있게 함으로써 의료부문에서의 형평성 제고에 기여한 제도라는 점을 인정한다. 다만, 당연지정제의 경우 의료공급자간 경쟁을 배제시킴으로써 의료의 질 문제와 의료체계의 성과를 낮추는데 결정적인 작용을 했으며, 의료공급자들을 경쟁에서 보호하는 부정적 기능도 있다고 한다(의료의 질이라는 질적 개념을 근거로 그 문제점을 주장하는 것이 얼마나 설득력 있는지는 별론으로 한다).
그리고 만약 요양기관 계약제를 실시한다면 의료의 질에 자신 있는 일부 공급자들은 요양기관이 되지 않고 일반 환자를 보는 순수 민간기관으로 남게 될 것이고, 보험환자를 보는 요양기관도 민간병원에 환자를 뺏기지 않기 위해 노력하게 된다고 예상하는 것으로 보인다. 그리하여 형평만을 고려해 당연지정제를 고수한다는 것은 의료의 질이나 의료체계 효율성에 많은 문제를 남기므로, 이제는 요양기관 강제지정제를 계약제로 바꿀 단계에 와 있다고 주장한다.

요양계약제와 관련해 해당 논자들은 개별 의료기관이 보험자와 개별계약을 맺는 방식, 의료공급자단체 중앙회가 보험자와 수가계약을 맺은 뒤 이 의료수가에 동의하는 의료기관이 보험자와 개별적으로 요양기관으로 계약하는 절충형 등을 고려하는 것으로 보인다.

현실적으로 당연지정제가 폐지돼 요양기관을 계약제로 전환하면, 사실상 독과점 상태에 있는 암 전문 의료기관이 요양기관의 지위를 포기할 경우 국민의 의료접근도가 상당히 낮아질 우려가 있고, 각 진료과목별로 필수적이지 아니한 의료공급이 증가하고 필수적인 의료수요에 대한 공급이 저해될 가능성이 있다고 할 수 있다. 의료이용 및 의료공급에 적잖은 파급효과를 줄 것으로 예상되는 계약제에 대해 신중하게 접근해야 함은 물론이다. 특히 민간의료기관이 대다수인 의료공급의 현실에서 민간의료보험과 연관돼 의료공급의 상당부분이 이뤄지는 상황(현정부의 정책 지향으로 보인다)에 도달할 경우 계약제 전환으로 인한 문제점이 보다 가중될 수 있음을 고려해야 할 것이다.
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