과거에는 개원하는 경우 개원초기에 손실이 발생함에도 불구하고 무기장에 의한 표준 소득률을 적용하여 소득세를 납부한 것이 사실이다. 그러나 앞으로는 무기장가산세가 부과된다. 따라서 개원 시작 연도부터 회계장부를 비치하고 기록하여 초기 투자금액을 세무상 비용으로 인정받는 것이 유리하다. 1. 의료기기 등 사업용 자산을 구입할 경우 다소 많은 금액을 지불하더라도 정식세금계산서를 발행하는 판매자로부터 구입하는 것이 유리하다. 이는 설령 장부를 기장하지 않더라도 사업에 기본적인 경비는 증빙서류를 수취해야만 비용으로 인정받을 수 있기 때문이기도 하다. 2. 고정 자산에 대하여 감가 상각을 하게 되는데 짧은 내용년수를 선택하고 (예; 의료기기 4∼6년 중 4년 선택하여 적용) 정률법에 의한 감가 상각을 하여 초기에 많은 금액을 감가상각비로 계산하는 것이 유리하다. 3. 개원 및 병원의 증축 등 많은 자금이 필요한 경우 자금의 조달 원천을 친인척 등 개인이 아닌 공식 금융기관으로 하는 것이 이자비용에 대한 세무상 비용으로 인정 받을 수 있어 유리하다. 4. 직원의 인건비를 지금까지 근로소득세 원천징수의 절차를 거치지 아니하고 비공식적으로 지급한 급여 부분이 있다면 공식적인 급여로 전환하는 것이 유리하다. 일반적으로 근로소득세 지출액보다 절감되는 사업소득세가 더 크기 때문이다.