치과의사 전문의 제도는 1962년 관련법이 공포되었으나 첫 전문의 자격시험이 시험응시자들의 퇴장으로 무산되었다. 그후 시행반대의 개원가와 시행주장의 학계가 의견차를 좁히지 못하여 30여년 이상을 시행치 못하다가, 헌법재판소가 1998년 7월 16일자 전문치의자격시험 불실시 위헌확인 헌법소원사건(96헌마246호)에서 위헌결정을 내림에 따라, 치과의사전문의의수련및자격인정등에관한규정(제정 2003.6.30대통령령 18040호)및  동 시행규칙(제정 2003.9.18 보건복지부령 258호)이 공포되었다.

2004년 이 법령에 의한 ‘치과의사전공의’를 선발하여, 법 제정 후 40여년이 지난 2008년 1월 제1회 치과의사전문의 자격시험을 시행하였다. 여기에서 230명 지원에, 전문과목 10개 중 7개과 220명의 치과의사전문의(합격률 95.7%)가 배출되었다. 애초 졸업생의 8%를 유지하기로 대치 대의원회의에서 의결된 바 있으나,  60점을 넘기면 합격되는 자격시험으로 치러지기 때문에, 당해년 배출된 졸업생 854명의 25.8%에 해당되는 인원이 배출된 것이다. 

이에 개원가에서는 각 시도치과의사회장 및 전국지부장협의회 명의로 소수정예의 정신이 지켜지지 않았다고 즉각 자격시험의 원천무효, 공직지부 해체, 시험문제 공개 등을 촉구하는 성명서를 내는 등 크게 반발하였다.

올해 제 2 회 자격시험 합격자 발표(2.2일)에서는 8개과 262명 응시자 중 98.5%인 258명(구외 55, 보철 49, 교정 47, 소치 28, 치주 33, 보존 37, 구내 8, 방사선 1명)이 합격하였다. 
지난 12월 ‘치과의사 전문의의 수련 및 자격인정등에 관한 규정’ 개정이 이루어졌다. 주골자는 예방치과의 경우 기존 수련치과병원 외에 치과대학 및 치의학전문대학원에서도 수련가능토록 하며, 2008년 12월 31일까지로 한정된 전속지도전문의 등에 관한 특례를 2013년 12월 31일까지로 5년 연장하는 것이다. 예방치과 수련의 길이 넓어진 것은 바람직하다.
그러나 2013년까지 각 수련기관의 전속지도전문의가 새로이 배출된 치과전문의로 교체 충원되어질 수는 없기 때문에, 이의 5년 연장은 당면한 문제를 잠시 보류한 것일 뿐이고 2013년 이전에 다시 해결책을 모색해야 할 문제이다.

의료법 개정(법률 제9386호, 2009.1.30, 일부개정)으로 4월 말 이후에는 영리목적의 ‘외국인환자 유치업자’의 등록 및 유치행위를 할 수 있게 된다.
지금처럼 당해 졸업생의 8%를 고집한다면 1년 졸업생을 800여명으로 볼 때, 64명 정도의 치과전문의가 배출된다. 이를 10개 전문과목으로 나누면 전문과목당 평균 6명이 된다. 11개 치과대학에서 한 전문과목에서 전혀 전문의를 배출할 수 없는 대학이 5개 대학이나 된다는 것이다.
전문의 합격자 수가 당해 졸업생의 몇 % 이어야 한다는 등은, 의료개방의 방향으로 나가는 시점에서 과학적인 근거를 가지고 장기적으로 국민구강보건 증진과 치의학 발전을 위한 수급대책이라고 보기 어렵다.

최소한 10년 후 또는 20년 후 등 목표연도를 정하고, 그때까지 전문의가 치과의사 전체의 몇 %, 각 전문과목별로는 몇%가 되게 한다라는 것이 훨씬 합리적이다. 이 때 적절한 비율에 대한 것도 전문의과목이 10개인 점, 치대병원 11개를 포함한 전문의 수련병원 현황, 국민의 의료욕구, 전체적인 경제여건, 의료개방시의 해외환자 유치와 의료인력 해외진출 등의 여러 가지 요소를 충분히 감안한 것이어야 한다.

또한 의료보험에서 전문의 수가를 따로이 마련하도록 노력해 가야하고, 2014년 이후 가능할 것으로 보이는 전문의 표방 개원의 경우, 타과 진료는 엄격히 제한하는 등 실질적이고 발전적인 전문의제 정착을 위해 노력해야 할 것이다.
 앞으로 개원가와 학계 모두 현실에 바탕하고 치의학발전이라는 공통 명제 아래, Win-Win의 대승적인 입장에서 접점을 찾아내야 할 것이다.