의학 전문대학원은 1995년 대통령 직속 교육개혁위원회에서 도입 필요성이 공식적으로 제기된 이래 계속 연구되고 논의되어 왔으나 결론을 내지 못하고 있다가, 2000년 10월 교육인적자원부(현재 교육과학기술부)에서 “의·법학 전문대학원 제도도입 추진계획안"을 발표하였다. 이에 따라 2001년 3월 14일 교육인적자원부 산하에 구성된 의학전문대학원 추진위원회는 수차례의 회의와 두 차례의 공청회, 교육인적자원부 관계자와의 간담회를 거쳐 8월 말에 “의학전문대학원 시행연구"보고서를 마련하였고, 이어서 2002년 1월 16일 교육인적자원부(부총리겸장관:한완상)는 “의·치의학 전문대학원 도입 기본계획"을 발표하였다.

당시 밝힌 도입배경 네가지를 요약하면, ‘지식기반사회의 전문성 요구에 부응할 수 있는 인력 양성 체제 구축’, ‘다양한 학문적 배경을 가진 사람들을 받아 의학교육 발전 및 의학의 사회적 역할 다양화 촉진’, ‘국제 기준에 부합하는 의료교육체제 도입을 통한 의료개방 대비’, ‘뚜렷한 목적과 동기를 지닌 대학 졸업생의 의사가 될 수 있는 길 확대’ 등이었다.

2003년 41개 의대 중 4개 의대, 11개 치대 중 5개 치대가 전환을 결정하고 예과를 폐지하여, 2005년부터 학사 출신의 전문대학원생을 뽑았고, 현재는 27개 의대(66%)와 8개 치대(73%)가 전체 또는 부분 전환을 하였다.

치의학전문대학원 제도 도입은, 1922년 2년제 경성치과의학교 설립, 1929년 경성치과의학전문학교, 1946년 4년제 국립서울대학교 치과대학을 거쳐 1959년 치의예과생 모집으로 6년제를 도입한 이래, 약 40여 년만의 큰 학제 개편이었다. 오랫동안 서울치대 단일 치대였던 것이 1967년 경희치대가 생기고, 이어서 현재 11개 치대로 증가된 중에 7개 치대가 전문대학원으로 전환하였고, 1개 치대가 부분전환, 3개 치대는 기존 2+4제를 유지하고 있다.

2003년에 전환한 대학들은  금년 2월에 그 첫 전문석사를 배출하였다.
2002년 발표당시 교육인적자원부의 추진계획에 의거하면, 일시에 모든 대학을 4+4제로 획일적으로 전환하지 않고 한시적으로 2+4제와 4+4제중 자율로 선택하도록 하고(한 대학 안에 부분전환 병행체제도 가능하나 이는 2009년까지만 인정), 전문대학원 도입 후 2005년까지 교육인적자원부 장관 소속하에 ‘의·치의학전문대학원평가위원회’를 상설기구로 설치하여 의·치의학교육의 질관리를 하도록 하며, 연차 분석 평가를 통해 2010년에 우리나라에 적합한 의사·치과의사양성체제에 대한 정책방향을 최종 확정하도록 되어 있다.

일부 사람들은 2010년 정책 최종확정시 2+4제로 환원하는 것까지 포함된 것으로 자의적으로 해석하는 사람도 있으나, 발표문 전체의 문맥으로 보면, 곳곳에서 이는 배제되어 있다는 것을 알 수 있다. 예로 전문대학원의 꽃이라 할 수 있는 ‘DDS-PhD(MD-PhD)과정은 4+4제로 영구적인 전환을 선언한 후부터 운영허용’하도록 되어 있다. 또한 늦게 2007년에 부분전환해 금년에 첫 전문대학원 신입생을 뽑은 의대들 중 3개 의대는 다시 2+4제 복귀를 모색하는 듯하기도 하나, 이에 대한 교육과학기술부 관계자의 ‘지원예산회수’ 언급을 보아도 2+4제 환원은 정책결정내용에 포함되지 않았음을 알 수 있다.

국가로 보면 2003년부터 전문대학원 전환을 위해 4백7억 여원을 국민의 혈세로 지원하였고, 대학으로 보면 엄청난 시련과 곤란을 겪으면서 전문대학원 체제에 맞는 질 높은 교육을 위한 새로운 교육과정으로 전환하였다.
아직 더 많은 졸업생이 배출되고, 데이터가 쌓여야 하지만, 현재까지의 자료만을 분석해보면 4+4제 학생들이 2+4제 학생에 비해 동기유발이 되어 있고, 더욱 성공적으로 학문을 익히는 것으로 나타나고 있다.
앞으로 의료개방의 시대에, 국제적인 기준에 부합하는 4+4제를 근간으로 약간의 보완을 통해 최선의 의·치의학 교육시스템이 되도록 힘을 모을 때이다.