구강 및 그 주위 조직과 관련된 질환의 예방, 진단 및 치료에 기여할 수 있는 약물이나 재료 등의 대량 생산 체계를 위한 이론적 근거를 제공하기 위하여 지난 1991년 1월 1일 부산대학교 부설연구소로 설립된 후 1992년 3월 5일 대통령령 제 13,604호(국립학교설치 령중개정령)에 따라 법정연구소로 전환되었다. 본 연구소의 직제로는 소장(윤일)을 비롯하여 치과약리학적, 치과약물제제학적, 구강생화학적, 구강생리학적, 구강미생물학적, 두경부해부학적, 구강병리학적, 예방치과학적 및 치과재료학적 구강생물공학연구실장으로 이루어진 연구부와 대외협력실장, 행정실장, 기술실장으로 이루어진 협력지원부가 있다. 또 연구소 운영과 발전을 기획하는 운영위원회, 연구소의 각종 연구에 대하여 자문을 수행하는 자문위원회 및 연구소 운영과 연구결과를 평가하는 평가위원회를 두고 있다. 본 연구소는 현재 52명의 부산대학교, 경성대학교 및 동아대학교 교수들이 겸임연구원으로 참여하고 있고 6명의 박사와 5명의 석사가 전임연구원으로서 구강생물공학연구에 매진하고 있으며 조교 1명을 본부로부터 배정받고 있다. 연구실, 자료실, 9개의 실험실로 이루어져 있으며 SCI, SCIE, CC 등에 등재되는 유명 국내외 전문학술지를 포함한 각종 학술지에 년 평균 200여편의 논문을 게재하고 있으며, 과학기술부, 보건복지부, 농림부, 한국과학재단, 한국학술진흥재단등 공공기관 및 산학협동 등으로 년 평균 70여개의 연구과제를 수행하고 있다. 뿐만 아니라 해마다 국내·국제학술대회를 개최해 왔고 연구원들의 활발한 토론이 특정 세미나를 통하여 이루어져 왔다. 본 연구소에는 58종의 구강생물공학과 관련된 도서와 Nature를 비롯한 100여종의 정기간행물을 비치하여 연구원들의 연구수행에 도움을 주고 있다. 본 연구소는 대학당국의 적극적인 지원으로 Ratio Fluorescence System (RI-D PTI), Multi-Frequency Cross-Correlation Phase and Modulation Spectrofluorometer (ISS K2-003), Argon Ion Laser (2085-15 Laser Spectraphysics) 및 Ultracentrifuge (Hitachi CP90α) 등을 구입하였고, 1997년과 1998년에는 교육부의 이·공계 대학 연구소기자재 첨단화 사업으로 4억원을 지원받아 Circular Dichroism Spectrometer (Olis RSM), High Performance Thin Layer Chromatography System (CAMAG), Micro Calorimetry System (Nano DSC 6100-Ⅱ CSC)을 구입하여 현재 53종 94점의 연구기자재를 확보하여 연구원들이 밤늦도록 연구를 수행하고 있다. 본 연구소는 1991년부터 현재에 이르기까지 특수목적사업으로서 새로운 형광분석법 개발을 통한 생물리학적 연구를 수행해 왔다. 형광분석법은 감도가 뛰어나고 실험적 오차가 극히 적으며 실험결과를 매우 쉽게 해석할 수 있을 뿐만 아니라 환경오염 우려성 또한 극소화되기 때문에 분자수준에서의 생물리학적 연구에 널리 이용되고 있다. 세포내 또는 세포수준에서의 개개 물질들의 정성과 정량, 개개 물질들의 운동 내지 개개 물질들 운동간의 상호작용, 세포내 pH변화, 약물 기타 물질들에 의한 상전이 현상, 단백질 이차구조 변화 등을 측정할 수 있는 장비가 완벽하게 갖추어져 있기 때문에 본 연구소는 우리나라를 대표할 수 있는 형광분석센타로서의 역할을 수행코져 오늘도 열심히 준비에 박차를 가하고 있다.